Zotero 的智慧手機程式

Zotero Apps Go Mobile

這是九月二十九日 Zotero Blog 上的介紹，原來 Zotero 的智慧手機 client 程式已經多達四種。

右邊是 Zandy 的樣子，使用者可在手機上編輯、新增書目資料，甚至有 offline 作業的功能。雖然還沒到 full featured 的版本，可是目前做到的已經很令人期待了。

Scanner for Zotero 讓您更驚訝，因為可照相辨識書本的條碼 ISBN, 直接送上 Zotero 文獻資料庫。

前兩個是 Android 的，下兩個是 iPhone/iOS 的。

BibUp 類似前者，還加上 OCR 光學辨識的功能。

我以前常用 EverNote, 這個雲端文件整理平台也可以上傳照相、塗鴉圖形檔、或掃描檔案再 OCR 光學辨識內容，鼓勵用戶拿這平台來收集家庭及學校各項文件，我一度想付費儲存容量。

不過 general purposed (一般性用途) 的 EverNote 顯然不如 Zotero 在文獻、書目解讀上下的工夫。

再來的 ZotFile Reader 是 Android, iOS 兩個作業系統都有的。



ZotFile Reader eases the transfer of Zotero-based PDFs to and from mobile readers like Android devices and the iPad. It builds on the success of the original ZotFile extension

不過這個 beta 版還太 beta ，僅建議資訊黑手鑽研技術。那個 也是值得期待的檔案管理功能，如果您用過 DropBox 便知新的可能性很大。

雲端 文獻/書目管理軟體 Zotero 的教學文件與網路資源

Zotero 文獻/書目/研究資源/網路資源管理軟體的教學文件與網路資源

強烈推薦

•  十大拒絕使用Zotero的理由 :: ten reasons for not using Zotero

• yimi ：推薦&教學：免費的文獻管理工具-zotero
• 示範完整

簡介

• 研究生2.0 簡單、免費且跨平台的書目管理軟體: Zotero 

•  四季狂想曲  論文寫作工具篇-【Zotero】作書目文獻管理

推薦

• Zotero官網 tutorial
  http://www.zotero.org/support/screencast_tutorials/zotero_tour 
• 
  
• Word和OpenOffice整合插件
  http://www.zotero.org/support/word_processor_integration
•  
• 關於英文設定避免亂碼的細節
  將 Zotero 文獻格式改成英文

拒絕使用 Zotero 的理由

我以為 Zotero 是去用自然就學得會的軟體。尤其到了 Zotero 3.0 時代，跟瀏覽器的整合或 standalone 單機程式都很穩定，大家對於〔雲端軟體〕也都有其他的體驗經驗，看人家大概用起來的樣子，應該很容易上手。所以前面的教學資料，都是以實例示範為主，有些細節想等到同仁發問再詳細討論。可是，考慮周延的長官，還是裁示要在院內推動，還是要有份正式點的說帖，例如〔十大特色〕,〔使用理由〕之類，我找到 這篇〔十大拒絕使用Zotero的理由 :: ten reasons for not using Zotero〕權充簡介，任志強先生是〔北海.尋道.我愛丁堡〕部落格版主
，遠至英國 Edingburg 留學的留學生，用反諷的幽默筆調寫的中英對照的文章非常值得推薦。

作者〔假如你聽過、看過、摸過、聞過、試過，仍然拒絕使用 Zotero ...〕的開場白也強調〔動手做〕，與本站旨趣相符。


他舉的十大理由雖然是 1.5 版時代的，可以看出當時軟體規劃考慮已經很周全了：

1. 你日常用來閱讀寫作的工作語言比較偏僻，Zotero並無支援。
   • 
     
2. 你相信只有微軟Internet Explorer才是最好的瀏覽器，不會轉用Firefox，甚至不知道Firefox是甚麼。
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3. 你信奉資本主義市場經濟，對一切免費的東西嗤之以鼻。
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4. 你相信一分錢一分貨的硬道理，懷疑任何開放元碼(open source)的東西總有背後的陰謀。
5. 你不認為大學可以開發出甚麼實用的好東西，學院派怎可能勝過商業產品？
   • 
     
6. 你迷戀傳統的蒐集和整理資料工具，覺得拿著鉛筆原子筆螢光筆和一疊二疊的3x5 notecards 走天涯，那才像樣。
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7. 你其實不需要真正的到處蒐集和紀錄參考資料，所以用不著這麼強力省時的工具。
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8. 你懼怕像iTune playlist 那樣把東西拉來拉去的drag and drop設計，恐怕不知道拉到哪裡無故失蹤。
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9. 你除了打字或者玩遊戲或者偶然寫寫電郵之外，根本不使用電腦。
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10. 你的參考書目非常簡單，大概只有十本八本書或者文章，不用這麼大陣仗。
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第五, 第六題的解答可能不是光動手做的人能回答，茲抄錄以增加了解：

• 你不認為大學可以開發出甚麼實用的好東西，學院派怎可能勝過商業產品？
  • Zotero由美國George Mason University的歷史與新媒體研究中心主力開發，充分掌握學術研究的需求，而且有高度彈性讓跨越不同學科的人可以應用。 
  •  
• 你迷戀傳統的蒐集和整理資料工具，覺得拿著鉛筆原子筆螢光筆和一疊二疊的3x5 notecards 走天涯，那才像樣。
• Zotero的口號，正是 「goodbye 3x5 cards」，筆記、highlight、批注都可以在裡面進行。

如果要一言以蔽之 Zotero 勝過 EndNote 的地方，我以為可以考慮最後這則「goodbye 3x5 cards」的口號　──　各式各樣的筆記，highlight, 批注都可以加註在您收集的文獻,書目,網頁,或任何檔案項目上，而且同則條目可以附上無限多條註解或相關檔案，請試看看吧。

Zotero 3 文獻管理軟體教學 -- 文獻條目做筆記、附加檔案、新增 url

Zotero 對收集來的文獻條目可以做什麼？為什麼愛好者不斷提到 Zotero 不只是文獻或網頁的紀錄器而已？　葡萄園 blog 的 Willers 前輩一言以蔽之：
『
以每一筆參考資料(這裡特ˊ指abstract)為核心，往上建立群組，往下使用筆記、附件、標籤來豐富參考資料，並具備非常大使用彈性的文獻管理應用。
』

我沿用這個往上、往下的說法，分開說明－－

一）往上建立群組：

跟大家直覺一樣，以資料夾及子資料夾的形式，把文章歸檔，相關的項目分群管理。

二）往下使用筆記、附件、標籤來豐富資料：

如果文獻條目原來就是網頁，Zotero 會自動進行全頁快照 (page screenshot)，把整頁內容抓下來。另外也有手動建立快照、與標記局部文字做筆記的功能；

可指定附加實體檔案、或指向檔案網址；

標籤 (tagging)即自定關鍵字，一個條目可以屬於多個標籤，一個標籤也可對應許多條目。

來自 Mac 陣營的文獻管理軟體 -- Papers, Sente

決心推介 Zotero 前，自以為對 Windows OS 以外的跨領域的文獻軟體或文件整理與儲存空間，例如雲端的 DropBox, EverNote 等，以及 Mac OS 跟 iPad iOS 陣營最出名的 Papers 有一番了解。沒想到文章一出，醫學與資訊雙料好友 虞希禹醫師 就來函指正，說我漏掉了 Sente 軟體（日文的『先手』，圍棋用語）。

虞醫師對略嫌老態的 EndNote 有句傳神的形容一定要轉述：

『 貼到word上時，也沒有Endnote那種黏嗒嗒的感覺！ 』

他說的是寫文章時的明顯差別，用過 Zotero 的同事應該感受到新時代軟體在用 Word 寫論文插入引用文獻 citation 時，比 EndNote 快而順。當然這也是我這幾天決心回應圖書委員會的教學要求，以 EndNote 代用品 Zotero 為主題的主要原因之一。

Mac OS 的 Papers, Sente 的確值得介紹給用 mac 而且喜愛軟體『手感』的人士，不適宜全院推廣的理由也很容易說明：

• 要錢，而且有點貴，不是現在 iPad AppStore 上的尋常人家。
  
  學術價 25 USD vs 90 USD，Sente 的 iPad 可工作版也要價 20 USD， Papers 給學生優待的申請流程說得蠻有趣味的，想找樂子的可去瞧瞧。

• 不能跨 Windows 平台。
  
  一定要有 macbook 或 mac mini, imac 才能方便工作，單用 iPad 版難竟全工。

• Web-based 介面平平。
  
  這裡我覺得由瀏覽器版本起家的 Zotero 原來就有優勢。現在各家都強調可多電腦同步 sync，可是雲端伺服器上直接線上 web-based 觀看的功能，似乎不是封閉系統 mac 版程式有興趣的地方。

不過 Papers, Sente 的介面有很多可借鏡之處，可留給對文獻軟體有狂熱的同事研究。例如

• 兩者在寫筆記的功能，都比 Zotero 美觀而順暢。使用者見證有些軟體只是拿來用的，有的讓您覺得使用就是樂趣所在，mac 族請試試吧
• Sente 在文獻歸類上也較靈活，『Create any number of custom fields and use them just like any of the built-in fields. 』, 如此拿來整理特殊興趣或學科的網頁，甚至整理特殊物件，都有無限的可能性。真是搔人癢處。
  
  
• Papers 內建專利文獻的文件類別。
• Sente 有 hierarchical tagging 的創新功能！ 真是說到我們重度文獻使用者的心聲。

Sente 的文案寫很好，廣告欄裡有位見證者開頭是 "I've used EndNote. I've used RefWorks. I've used Zotero. I've used Bookends. I've never loved any of them. But I love Sente. ..."

關於 Papers 與 Sente 的比較，可參見

• Sente vs. Papers: Two Outstanding Bibliographic Management Tools for Mac 作者是兩個軟體都買都用的人。 
• Papers 官網裡的比較 What are the differences between Papers and Sente?
• Sente vs Papers  2010 年初的 blog 對話，有段 Sente 愛用者的回應，但作者似乎現在用 Zotero 多 :p
• Sente 官網裡，Papers and Sente  早在 2007 年的對話，有些設計細節的回應與討論。
• 
  

這些軟體進步都很快，請注意寫作的時間跟版次。不過比較 Sente, Papers 與 Zotero 的還不多見。


參考網頁：

• http://ps-drliu.blogspot.com/2011/10/zotero-vs-endnote.html

• How to manage your PDF load mac-based Dr. Shock 的個人經驗談，他是 MD, PhD, 裡面還提到怎麼用 iTunes整理大量 pdf 文件。 

裡面還提到 醫學資訊站的 davidrothman.net 介紹過免費，用 XOOPS bbs 系統建的 PubMedPDF (2008),

PubMedPDF

I’ve previously posted about commercial applications for managing PDF files that access PubMed for article metadata (including iPapers, Papers, Sente, BibDesk, and Librarian) but I just stumbled across a new (to me) open source option called PubMedPDF.

學海無涯，不敢追下去了。

Zotero 3 文獻管理軟體教學 -- 多篇批次輸入 -- BioMedCentral BMC 期刊群

前文 舉例說明 Zotero 批次輸入多篇文獻的強處，用的例子是
http://journals.lww.com/plasreconsurg/pages/collectiondetails.aspx?TopicalCollectionID=24
或者
http://journals.lww.com/plasreconsurg/toc/2011/07000 
這 是 lww 電子期刊廠商，應整形外科醫學會雜誌 (Plastic and Reconstructive Surgery) 要求，免費提供讀者的實證醫學文選。各位如果試過，應該發現每個期刊廠商提供給 bibliographical (citation) 管理軟體的介面並不統一，而且許多需付費、或限購買學校校區才能用的連結，在自動輸入的過程會遇到問題。建議還是了解操作的原理，例如 Zotero 與 EndNote, Mac Papers 接受的共同格式是 RIS 文獻格式，目前最完整的各期刊特殊格式的介紹在 EndNote 官網的 Export Providers 列表。

我們就常用期刊的多篇文獻下載再舉些實例說明。

BioMedCentral (BMC) 期刊，提供很多免費文章 (Open Access) ，它的期刊列表還不能直接抓，但是對各種文獻格式提供特別的連結。請登入

http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/S2/S5

由右方欄

Tools: Download citation(s)

就能整批抓取該篇文章引用的文獻資料。

Include	Article citation and all cited references Cited references only Article citation only
Format	EndNote, Zotero or Papers Reference Manager Refworks BibTex
Direct import

各位當然是選擇熟悉的 EndNote, Zotero, Papers 選項。

回歸醫學 ！ Zotero 文獻管理軟體教學 -- 標籤 Tagging

前面講到 zotero 處理重複書目的合併 (merging) 時不夠智慧，因為會把 pubmed citation 的 標籤 Tagging 刪掉。這就回到醫學文獻與一般書目的不同點，需要強調一下 美國國家醫學圖書館 (ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) 幫大部分的文章摘要，都貼心地加上 MeSH 關鍵詞的偉大貢獻，而 Zotero 或 EndNote 工具，或ClusterMed 之類自動文獻分析平台 ，都讓  MeSH 的使用或收集更加方便。

這也是我敦請住院醫師們改用文獻管理軟體 查 medline 文章的原因。

觀察剛剛由 http://journals.lww.com/plasreconsurg 電子期刊廠商抓回來的條目，
基本資料一應俱全，往下捲動，看到 url 欄位是
http://content.wkhealth.com/linkback/openurl?sid=WKPTLP:landingpage&an=00006534-200904000-00027

請注意右下書目資料欄的『標籤』頁是空白的！

如果您是由 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 抓文獻，『標籤』頁內容是不一樣的。請登入這篇整形外科 EBM 介紹的文章專頁，網址用
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19337107

按頁狀儲存鈕。

ˋ
請看右下『標籤』頁內容包括了這些來自 MeSH 關鍵詞的重要關鍵字，這些資訊是我們深入運用文獻的重要搜尋基礎。目前 Zotero 3.0b2 把兩篇 Duplicated Items MERGING 的功能還不完備。

講脂肪移植的大文章，關鍵字就更豐富了。
Iverson RE, Lynch DJ; American Society of Plastic Surgeons Committee on Patient Safety.
Practice advisory on liposuction.
Plast Reconstr Surg. 2004 Apr 15;113(5):1478-90; discussion 1491-5.

另一個例子
Sinno H, Neel OF, Lutfy J, Bartlett G, Gilardino M.
Plast Reconstr Surg. 2011 Feb;127(2):974-80.
Level of evidence in plastic surgery research.

文獻管理軟體比較 Zotero vs EndNote

關於文獻管理軟體 (bibliographical 或 citation managment)  我用過 EndNote 跟 Procite，後者可把一篇文獻歸到多個分類資料夾的功能後來 EndNote X 也具備了，就沒有繼續留戀。國外常提到的 RefWorks 我沒用過。另外 EndNote 也在 Web of Knowlede 裡有 EndNote Web, 我沒帳號，希望有人能補充。

以下的比較表的 EndNote 版本是基於我較熟的 EndNote X3 到 X4 (第 13, 14 版)，最新是 X5 (15th)，灌了還沒深究。 這兩個月的 Zotero 是 3.0b2。

 

第二天就收到回應，這 windows-based 的觀點忽略了 Mac 的 Papers, Sente (先手), 補記一篇說明。 

關於 Zotero vs EndNote 的比較，網上資訊不少:

• Comparison of Citation Software at MIT -- Zotero vs RefWorks, EndNote 這篇夠新。裡面還有各軟體長短處短評。
• The Chronicle of Higher Education: Zotero vs EndNote (May 2011)  這篇分功能 P.K.，不過作者自承是 Zotero 的倡導者。
• University of Wisconsin-Madison 的 RefWorks/EndNote/Zotero Features Comparison 細節多。
• Wikipedia Comparison of Reference Management Software 也有很多細部的比較。

The Chronicle of Higher Education: Zotero vs EndNote (May 2011)  這篇把兩者長處摘要如下：

Zotero

• Cost
• Collecting sources online
• Syncing
• Speed, editing citations
• Sharing with others
• Creating sources from PDFs

EndNote

• Speed, overall
• Speed, inserting citations
• Speed, editing citations
• Finding full text
• Customizability

 

雲端文獻管理軟體 Zotero 3.0 教學 -- 丟入文獻連結或 pdf，自動擷取書目，

Zotero 文獻/書目/研究資源/網路資源管理軟體的教學，歡迎大家試試。

標題取自研究生 2.0 Blog 的 Zotero: 丟入PDF，自動擷取書目，表達對原作者 Chin-Hsi Lin 致敬之意。從 Zotero 還只是 1.5 版時，看到在社會學科整理書目有這麼強的新型態軟體，就很期待它能逐漸茁壯，在醫學文獻整理上，與當時還很難撼動的 EndNote 軟體霸主一爭長短。

二年後，隨著雲端軟體跟網路環境的發展，架在瀏覽器上的軟體不再顯得怪異，Zotero 成長到 3.0beta，也推出 standalone client 軟體，脫離 Firefox 的限制。 Microsoft Word, 甚至 Open Office Write 運作順暢，然後 export, import 格式的插件，跟 EndNote 的舊資料轉換可以進出無阻。這兩個月密集使用下，覺得已經到了該跟朋友推薦直上 beta 版本的成熟時機。

跟很多 EBM 事情一樣，做的比說的容易，我拿 PubMed 文獻示範一下。安裝方法可參考研究生 2.0 Blog 整理的教學文章。建議直上 3.0b2, firefox 瀏覽器版跟 standalone 版都裝，如果您有電腦潔癖，只裝前者也可以。FireFox 是比 IE 安全又快的瀏覽器，您按下方狀態列右下的 zotero icon便啟動 zotero 的功能，您可看到在 firefox 下半多了一個文獻視窗，如果您裝了 Windows standalone 版，則會啟動那個獨立程式。


Zotero: 丟入PDF，自動擷取書目的示範是丟進您找來的 pdf 期刊文章。我們醫學研究者常泡在網路上，我以前篇談整形外科實證醫學的文章為例，示範一次抓到多篇 PubMed 文獻的方法：
請以 firefox 登入下列網址之一：
http://journals.lww.com/plasreconsurg/pages/collectiondetails.aspx?TopicalCollectionID=24
（這是 lww 期刊提供給整形外科讀者的實證醫學文選），或者
http://journals.lww.com/plasreconsurg/toc/2011/07000
（這是 2011 年 7 月號期刊的網址）

 跟 2.0 版示範一樣，網頁下載完成時，即可看到網址頁右方紅圈滑鼠游標處出現黃色的『抓文獻』標記，請按下。

精采的來了，這個網頁上滿足標準期刊格式的文獻 citations 都會被列出來，您可挑選想存入資料庫的項目。

請看左下方視窗，我們的游標現在位於 PS EBM 資料夾，上面選定的文章自動會被歸入這個
文獻收藏資料夾中。

Zotero 3.0 讓我覺得『堪用』的一大進步是 Duplicated Item 的檢查，建議每次批次輸入多條文獻，都要檢查左下方是否有重複條目存在，儘早處理。所謂『儘早』是因為雖然 zotero 提供 merge 兩個條目的功能，目前還很粗糙。例如自動 merge 是，常把自動標有豐富 tagging 標籤 的 ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 條目刪掉，請有經驗的網友多交換心得。不過話說回來，EndNote 的 Duplicaˋte checking 也沒智慧到哪裡去，這裡還是要靠手工。

上面抓到的文獻儲存在您的電腦裡。如果您在 zotero 網站上註冊帳號，您可把醫院或學校這台電腦上的文獻上傳 (synchronize, 同步)到 zotero 的 雲端儲存空間上，回家時使用家裡電腦跟雲端儲存空間同步，就可下載白天工作的成果到另一台電腦。

zotero 平台上也有簡單的瀏覽介面可觀看您存在 雲端 的文獻。

對於醫學文獻使用者來說，文獻管理軟體 Zotero 批次處理 pdf meta-data 或者 期刊網頁多篇文章的功能，遠比具全文檢索功能，但只是閱讀使用用途的雲端儲存平台 DropBox, EverNote 強。另外 mac 跟 iOS (iPad, iPhone) 平台上的 Paper app 有漂亮的 pdf 管理介面，在文獻 import 與 export 上則沒看到上述的 pdf meta-data 處理與批次下載功能。

請動手試著管理您的文獻吧。