雲端文獻管理軟體 Zotero 3.0 教學 -- 丟入文獻連結或 pdf，自動擷取書目，

Zotero 文獻/書目/研究資源/網路資源管理軟體的教學，歡迎大家試試。

標題取自研究生 2.0 Blog 的 Zotero: 丟入PDF，自動擷取書目，表達對原作者 Chin-Hsi Lin 致敬之意。從 Zotero 還只是 1.5 版時，看到在社會學科整理書目有這麼強的新型態軟體，就很期待它能逐漸茁壯，在醫學文獻整理上，與當時還很難撼動的 EndNote 軟體霸主一爭長短。

二年後，隨著雲端軟體跟網路環境的發展，架在瀏覽器上的軟體不再顯得怪異，Zotero 成長到 3.0beta，也推出 standalone client 軟體，脫離 Firefox 的限制。 Microsoft Word, 甚至 Open Office Write 運作順暢，然後 export, import 格式的插件，跟 EndNote 的舊資料轉換可以進出無阻。這兩個月密集使用下，覺得已經到了該跟朋友推薦直上 beta 版本的成熟時機。

跟很多 EBM 事情一樣，做的比說的容易，我拿 PubMed 文獻示範一下。安裝方法可參考研究生 2.0 Blog 整理的教學文章。建議直上 3.0b2, firefox 瀏覽器版跟 standalone 版都裝，如果您有電腦潔癖，只裝前者也可以。FireFox 是比 IE 安全又快的瀏覽器，您按下方狀態列右下的 zotero icon便啟動 zotero 的功能，您可看到在 firefox 下半多了一個文獻視窗，如果您裝了 Windows standalone 版，則會啟動那個獨立程式。


Zotero: 丟入PDF，自動擷取書目的示範是丟進您找來的 pdf 期刊文章。我們醫學研究者常泡在網路上，我以前篇談整形外科實證醫學的文章為例，示範一次抓到多篇 PubMed 文獻的方法：
請以 firefox 登入下列網址之一：
http://journals.lww.com/plasreconsurg/pages/collectiondetails.aspx?TopicalCollectionID=24
（這是 lww 期刊提供給整形外科讀者的實證醫學文選），或者
http://journals.lww.com/plasreconsurg/toc/2011/07000
（這是 2011 年 7 月號期刊的網址）

 跟 2.0 版示範一樣，網頁下載完成時，即可看到網址頁右方紅圈滑鼠游標處出現黃色的『抓文獻』標記，請按下。

精采的來了，這個網頁上滿足標準期刊格式的文獻 citations 都會被列出來，您可挑選想存入資料庫的項目。

請看左下方視窗，我們的游標現在位於 PS EBM 資料夾，上面選定的文章自動會被歸入這個
文獻收藏資料夾中。

Zotero 3.0 讓我覺得『堪用』的一大進步是 Duplicated Item 的檢查，建議每次批次輸入多條文獻，都要檢查左下方是否有重複條目存在，儘早處理。所謂『儘早』是因為雖然 zotero 提供 merge 兩個條目的功能，目前還很粗糙。例如自動 merge 是，常把自動標有豐富 tagging 標籤 的 ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 條目刪掉，請有經驗的網友多交換心得。不過話說回來，EndNote 的 Duplicaˋte checking 也沒智慧到哪裡去，這裡還是要靠手工。

上面抓到的文獻儲存在您的電腦裡。如果您在 zotero 網站上註冊帳號，您可把醫院或學校這台電腦上的文獻上傳 (synchronize, 同步)到 zotero 的 雲端儲存空間上，回家時使用家裡電腦跟雲端儲存空間同步，就可下載白天工作的成果到另一台電腦。

zotero 平台上也有簡單的瀏覽介面可觀看您存在 雲端 的文獻。

對於醫學文獻使用者來說，文獻管理軟體 Zotero 批次處理 pdf meta-data 或者 期刊網頁多篇文章的功能，遠比具全文檢索功能，但只是閱讀使用用途的雲端儲存平台 DropBox, EverNote 強。另外 mac 跟 iOS (iPad, iPhone) 平台上的 Paper app 有漂亮的 pdf 管理介面，在文獻 import 與 export 上則沒看到上述的 pdf meta-data 處理與批次下載功能。

請動手試著管理您的文獻吧。